Stockholms universitet är medlem i flertalet olika program och nätverk som möjliggör samarbeten och mobilitet för studenter, lärare och personal. Program är oftast baserade på avtal mellan två parter (bilaterala) medan nätverk består av flera aktörer (multilaterala).
Stockholms universitet deltar i universitetsalliansen Civis – European Civic University Alliance som för samman över 384 000 studenter och 55 000 medarbetare vid åtta universitet i Europa.